Prodi S2 MIT UNDIP menjalin kerjasama dengan berbagai pihak atau stakeholder untuk mendukung proses pembelajaran dan penelitian khususnya bagi mahasiswa. Kerjasama dengan berbagai lembaga pendidikan/universitas baik di dalam maupun luar negeri telah lama dan terus dilakukan untuk mendukung proses pembelajaran dan peningkatan mutu pendidikan di Prodi S2 MIT UNDIP. Beberapa ahli dari universitas dalam maupun luar negeri telah banyak memberikan kuliah atau sebagai dosen tamu untuk memberikan informasi dan update mengenai perkembangan teknologi peternakan.
Untuk mendukung proses internasionalisasi dan peningkatan kualitas riset oleh mahasiswa, Prodi S2 MIT UNDIP juga telah menjalin kerjasama dengan berbagai universitas atau lembaga riset terutama di luar negeri. Kerjasama tersebut memungkinkan mahasiswa dan dosen di Prodi S2 MIT UNDIP melakukan riset, pelatihan (short course) dan penulisan artikel ilmiah bersama.
Prodi S2 MIT UNDIP juga memiliki kerjasama dengan berbagai instansi pemerintah (Kementerian Pertanian dan dinas terkait di Kabupaten/Kota/Provinsi) dan swasta dalam hal pendidikan, riset dan pengabdian kepada masyarakat.
