Program Magister (S2) Ilmu Ternak merupakan salah satu program studi di Departemen Peternakan, Fakultas Peternakan dan Pertanian, Universitas Diponegoro yang berdiri tahun 1999. Dasar pendirian program studi tersebut adalah SK Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia tentang pembentukan Program Magister (S2) Ilmu Ternak Universitas Diponegoro (SK No. 179/DIKTI/Kep/1999 tanggal 26 April 1999). Pada awalnya Program Magister Ilmu Ternak dikelola oleh Program Pasca Sarjana Universitas Diponegoro yang berkantor di Kampus Undip Jl. Imam Bardjo SH, Pleburan, Semarang.
Sejak didirikan, Program Magister Ilmu Ternak diharapkan dapat menjadi program studi magister (S2) bertaraf nasional dan sebagai bench mark dalam pengembangan IPTEK dan sumber daya manusia yang berkompetensi tinggi yang memiliki keunggulan di bidang ternak lokal (indigenous) berbasis kondisi tropis. Pada tahun 2011, Rektor Universitas Diponegoro mengeluarkan peraturan tentang pengelolaan administrasi dan akademik program studi pascarsajana yang bersifat monodisiplin melalui SK Rektor No. 609/SK/UN7/2011 tanggal 1 November 2011. Menindaklanjuti peraturan rektor tersebut, pengelolaan Program Magister Ilmu Ternak selanjutnya diserahkan kepada Fakultas Peternakan, Universitas Diponegoro yang berada di Kampus Undip Jalan Prof. Soedarto, SH Tembalang, Semarang. Pada tahun 2012, terjadi perubahan nama Fakultas Peternakan menjadi Fakultas Peternakan dan Pertanian berdasarkan SK Rektor No. 225/SK/UN7/2012. Perubahan nama fakultas tersebut secara umum tidak berdampak terhadap pengelolaan ataupun kedudukan Program Magister Ilmu Ternak. Hanya saja terjadi penyesuaian visi dari Program Magister Ilmu Ternak dengan mengacu pada visi Departemen Peternakan, Fakultas Peternakan dan Pertanian Universitas Diponegoro.
